Avec les acteurs de l'aménagement du territoire, le CRPF :

• mène une politique de concertation avec les partenaires de la filière bois,
• participe à la gestion concertée des territoires : plan de développement de massif (PDM), programme d'approvisionnement territorial (PAT), charte forestière de territoire, pôle d'excellence rurale...

 
Quelques actions :

• développement de la desserte forestière de territoire pour mobiliser les produits,
• promotion d'une sylviculture de qualité,
• incitation à la mise en marché des bois (bois d'oeuvre, bois d'industrie, bois énergie),
• développement et promotion de la gestion intégrée des pâturages boisés.

Ces actions sont menées en collaboration étroite avec le syndicat Forestiers privés de Franche-Comté, les chambres d'Agriculture, les coopératives, les experts, l'ADIB, l'ONF, les communes forestières... et le soutien financier de l'Union européenne, l'Etat, la région, les départements, les communes...

Développer la capacité de production de la forêt dans le respect de la biodiversité, en incitant les propriétaires forestiers à présenter un document de gestion durable de qualité :

• le Schéma Régional de Gestion Sylvicole (SRGS) de Franche-Comté définit les règles de gestion durable des forêts privées
• les plans simples de gestion (PSG), réglements type de gestion (RTG) et le code de bonnes pratiques sylvicoles (CBPS)... doivent y être conformes

L'organisation des récoltes de bois et des travaux, prévus dans ces documents de gestion durable, est un facteur de développement de l'emploi en forêt.

• En regroupant les propriétaires pour améliorer leur desserte : schéma de desserte forestière, association syndicale autorisée (ASA) pour la desserte collective ...
• En poursuivant les actions de restructuration foncière : Des opérations sont engagées dans le Doubs (secteur de St Hippolyte) et dans le Jura sur 23 communes du Haut-Jura. 
• En favorisant le regroupement des propriétaires pour la gestion et l'exploitation de leurs parcelles avec les plans de développement de massifs (PDM), 5 PDM sont en cours :

- dans le Doubs : secteur Doubs-Dessoubre,

- en Haute-Saône : secteur de Rioz et dans les Vosges saônoises,

- dans le Haut-Jura : secteur "Risoux-Savine" et secteur "Massacre-Nerbier".

• Réseau Natura 2000 : le CRPF met en oeuvre les préconisations des directives européennes dans le site "Forêts et ruisseaux du piémont vosgien" dont il est animateur. Il est acteur dans les comités de pilotage et les groupes de travail "Forêts" des autres sites Natura 2000.
• Choix des essences : à partir des catalogues de stations forestières, le CRPF contribue à l'élaboration de guides. Ils permettent aux propriétaires de choisir les essences les mieux adaptées, dans le respect des enjeux environnementaux, et en prévision du changement climatique.
• Equilibre sylvo-cynégétique : aux côtés de nombreux partenaires, le CRPF s'implique dans des sites pilotes sur le suivi des populations de chevreuil. Il a  également participé au programme INTERREG "Suivi de la colonisation naturelle du cerf sur le massif jurassien".
• Programmes Life : le CRPF a participé à de nombreux programmes européens Life, relatifs au "Grand Tétras", aux "futaies irrégulières feuillues en Franche-Comté" et aux  "Ruisseaux de têtes de bassin et faune patrimoniale associée".
• Santé des forêts : le CRPF contribue au réseau du département de la Santé des forêts (DSF). Il s'est fortement impliqué, après les tempêtes de décembre 1999, dans la résorption des foyers de scolytes.
• Milieux associés : le CRPF est partenaire du programme "Mares" et il a travaillé sur le programme INTERREG "Gestion intégrée des paysages sylvo-pastoraux de l'arc jurassien".
• Paysage : en concertation avec l'ONF, le CRPF a élaboré un outil de sensibilisation à la qualité des paysages comtois. Pour leur préservation, il propose des itinéraires de gestion forestière adaptés.

Le CRPF est certifié ISO 14001 n° F-257501.