Les contrats Natura 2000 ne sont pas obligatoires, ce sont des contrats administratifs, c'est-à-dire qu'ils sont conçus par l'administration, et proposés comme tels aux ayants droit, à charge pour eux de signer ou ne pas signer.
Cela signifie que la marge de manoeuvre du forestier ou de l'agriculteur est très réduite (et plus encore si l'on considère ce qui suit).
Ce contrat comporte :

• la description des opérations à effectuer,
• les engagements de bonne pratique pris par le propriétaire,
• les modalités de versement de l'aide,
• et le descriptif des engagements ouvrant droit à contrepartie…

Les contrats sont conclus pour une durée minimale de cinq ans, les aides étant versées par le CNASEA.
Le contrôle de la bonne exécution du contrat est réalisé par le préfet (DDAF) qui, en cas de négligence, peut suspendre les aides, voire les supprimer.
Les contrats sont conformes aux documents d'objectifs.

Comme on le voit ci-dessus, les contrats Natura 2000 tels qu'ils ont été définis par la loi et les règlements ne s'appliquent que dans le cas où la mise en oeuvre de Natura 2000 nécessitera le recours à des financements publics. Compte tenu des règles qui ont été édictées par le ministère de l'Ecologie, ces financements publics ne seront mobilisés que dans le cas où les opérations de maintien en bon état de conservation nécessiteront une dépense particulière d'investissement ou d'entretien.

Les contrats Natura 2000 ne sont donc nécessaires que dans de telles situations… c'est dire qu'il ne faut pas s'attendre à une ruée des forestiers sur les contrats Natura 2000. En effet, au travers de leur gestion ordinaire, les forestiers ont le plus souvent une gestion qui permet déjà de maintenir en bon état de conservation les habitats dont ils ont la charge.

• Le plus souvent donc, volontairement ou non, leur gestion habituelle suffira, ce qui n'entraînera aucune dépense supplémentaire, que ce soit en investissement ou en entretien.
  
  
• Dans quelques rares cas, lorsque des opérations de dégagement motivées par le maintien de la biodiversité, ou la plantation d'essences du cortège, absentes fortuitement, ou dans quelques autres cas où des opérations de génie écologique sont nécessaires, des financements publics devront être mobilisés. Il conviendra alors de signer un contrat Natura 2000, avec le préfet, le plus souvent par l'intermédiaire de la DDAF.

Le constat " il n'y aura qu'un nombre très limité de forestiers qui signeront un contrat Natura 2000 " pose un problème au regard de l'article L 8 IV du code forestier, qui stipule qu'à compter du 11 juillet 2004, les forêts, situées dans un site Natura 2000, ne pourront être considérées comme bénéficiant de garanties de gestion durable que si elles sont dotées d'un contrat Natura 2000…

Cette disposition est à l'évidence léonine si l'on songe à toutes les forêts qui n'auront jamais de contrat Natura 2000, c'est-à-dire celles incluses dans un site Natura 2000 qui ne comportent pas d'habitats de la directive ou à celles qui, très correctement gérées, ne nécessitent ni investissements ni entretiens spécifiques.
C'est pourquoi, les forestiers ont proposé que, dans le cadre de l'actuel projet de loi sur le développement des territoires ruraux, cette obligation du contrat Natura 2000 disparaisse et que l'article L 8 IV soit purement et simplement abrogé. Les parlementaires ont été saisis de ce projet qui est commun aux forestiers privés et publics.

Le contrat Natura 2000 est une démarche entièrement différente de celles résultant du code forestier, c'est-à-dire des documents de gestion durable (plan simple de gestion,…). Restent certains problèmes de compatibilité à vérifier ou à mettre en place : il n'existe en effet qu'une seule gestion pour le forestier et celle-ci doit être conforme, et aux documents de gestion durable, et si nécessaire aux contrats Natura 2000.
Ces compatibilités sont les suivantes :

• les opérations prévues dans le contrat Natura 2000 doivent être incluses dans le plan de gestion lorsqu'il existe, sinon ces opérations risqueraient d'être illégales au regard du code forestier ;
  
  
• le contrat Natura 2000 comporte la description des opérations de gestion ordinaire des milieux qui ne nécessitent aucun financement. Il importe de vérifier que le plan de gestion décrit bien une telle gestion et qu'aucune incompatibilité n'existe entre les deux documents.

A noter que le document d'objectif doit comporter un code de bonne pratique correspondant aux pratiques de gestion ordinaire compatibles avec le maintien en bon état de conservation des habitats.

Bien que dénommé de la même manière, séparation des procédures oblige, ce code de bonne pratique n'a rien à voir avec le code de bonne pratique sylvicole résultant du code forestier. S'il est recommandé que techniquement il y ait une certaine compatibilité, cette similarité de dénomination n'entraîne en aucun cas une similarité de contenu.

Faut-il ou non signer un contrat Natura 2000 ? On a vu que cette question ne concernait qu'une faible minorité de forestiers. Dans le cas où la question se pose, il faut bien mesurer la nature des engagements pris par le forestier et mettre ces engagements en regard des avantages (le plus souvent subventions) qui en seront retirés. Il n'y a pas de réponse générale à cette question. Il faut évidemment savoir qu'au mieux, l'Etat ne financera que le montant de la dépense engagée par le forestier, qu'il exigera tous les justificatifs…

Dans le cas où la conservation de la biodiversité constitue un objectif pour le forestier, son incontestable intérêt est de signer le contrat Natura 2000, sous réserve des engagements autres qui lui seront demandés. Dans les autres cas, il faut veiller à ne pas se mettre en situation d'avoir souscrit des engagements coûteux, si ceux-ci ne sont pas compensés par des financements en conséquence. A chacun donc de faire son calcul… calcul qui eût sans doute été plus facile à effectuer si le ministère de l'Ecologie avait consenti une véritable rémunération et non une étroite et rigoureuse indemnisation…